Todos los personajes de Clannad tienen un pasado triste que vamos desentrañando de a poco con cada capítulo. Para empezar, Tomoya Okazaki es un joven deprimido cuya vida se cruza con la de una chica que sobrevive a su enfermedad e intenta rendir en la escuela, Nagisa. De ahí en más, todo lo que falta por saber sobre todos los personajes es profundo y la mayor parte del tiempo muy triste.